第一阶段是捷克-帕拉丁时期（1618-1624）。 “扔窗事件”发生后，捷克组建临时政府并宣布独立。 次年，“新教联盟”领袖、巴拉丁选帝侯腓特烈当选国王。 捷克和帕拉蒂尼联军初战告捷，入侵奥地利，逼近维也纳。 但由于缺乏新教诸侯的支持，捷克和帕拉丁联军面对老基督教诸侯和西班牙援军的强大攻势节节败退，并在11月8日的“白山之战”中彻底溃败。 1620年，从此捷克彻底失去独立，成为奥地利波西米亚行省。 在德国境内，帕拉丁被西班牙军队占领。 到1624年初，旧教会势力取得了决定性的胜利。

第二阶段是丹麦时期（1625-1629）。 天主教联盟的胜利和哈布斯堡家族势力的日益增强，引起德国新教诸侯的不安，威胁到法国、英国、荷兰、丹麦等国的政治和经济利益。 1625年，法国首相黎塞留帮助英国、荷兰和丹麦组成反哈布斯堡联盟。 每个国家都资助丹麦向德国派遣军队。 就这样，德国内战演变成了一场国际战争。 1626年至1628年，德皇在“天主教联盟”和捷克贵族华伦斯坦雇佣军的支持下，击败了丹麦军队，占领了整个北德意志。 1629年，丹麦被迫与德皇签署《吕贝克和约》，承诺不再干涉德国事务。 同年巴拉丁，德皇颁布复辟法令，规定自1552年以来没收的天主教会所有财产必须归还天主教会。

第三阶段是瑞典时期（1630-1635）。 哈布斯堡家族在北德的胜利，让追求波罗的海霸权的瑞典心神不安。 于是，法国提供了大量资金，俄罗斯提供了大量粮食和硝石援助瑞典，并鼓励瑞典出兵德国。 1630年7月，瑞典军队在国王古斯塔夫二世的指挥下，从波美拉尼亚登陆，先后占领了德国北部和中部的许多地区。 后来瑞典国王古斯塔夫二世战死，瑞典军队士气低落。 从1632年底开始，战争进入相持阶段。 1634年9月，德皇依靠西班牙援军，在莱茵河与多瑙河之间的诺德林根惨败瑞典军队。 次年，新教诸侯与德皇缔结和约，战局向有利于德皇和旧基督教诸侯的方向发展。 法国随后直接参战。

第四阶段是法瑞时期（1635-1648）。 法国原本是天主教国家，与德皇或西班牙没有宗教冲突。 法国之所以直接参战，主要是担心哈布斯堡家族势力的扩张会危及其在欧洲的霸权。 1635年5月开始，法军以德国为主战场，同时也在荷兰西部、意大利和西班牙对哈布斯堡王朝发动战争。 此后，荷兰、威尼斯、匈牙利等国相继支持法国，加入法瑞联盟。 战争初期，德皇占据上风，西班牙军队从南北入侵法国，逼近巴黎。 但20世纪40年代以后，法国和瑞士逐渐掌握了战争主动权。 1642年秋，瑞典军队在莱比锡附近击败了德皇军队； 次年春，法军在西部的罗克瓦战役中击败西班牙军队，占领阿尔萨斯； 1645年，瑞典军队在捷克击败了德皇军队； 1646年，法国和瑞典军队入侵斯瓦比亚和巴伐利亚，瑞典占领布拉格。 德皇被迫求和，于1648年10月24日与法国和瑞士缔结《威斯特伐利亚和约》，结束了三十年战争。

由宗教争端引发的三十年战争，实际上是一场德皇想要加强权力、新老宗教诸侯要求分离和统治、几个大国趁机扩张的战争。 它严重削弱了欧洲的天主教和封建势力，同时加剧了德国的分裂局势，对德国经济造成了巨大损害。 也为英国资产阶级革命提供了有利的国际环境，也为俄罗斯实施“西进”政策、争夺波罗的海出海口提供了契机。